1965年,医学微生物与免疫学分会成立。1965-1984年,第一、二届委员会主任委员纽家淇,副主任委员朱圣禾,秘书董善民。1985-1994第三、四届委员会主任委员纽家淇,副主任委员朱圣禾、毛江森、董善民,秘书董善民(兼)。1995年换届,主任委员顾克洲,副主任委员何浙生、何世元,秘书项哨。1999年换届,主任委员顾克洲,副主任委员方平楚、 何浙生、何世元、俞云松、吕时铭,秘书项哨。2005年换届,主任委员方平楚,副主任委员俞云松、吕时铭、严杰、李向阳、 陈功祥,秘书周林福、钱景。2009年组成第八届委员会,主任委员俞云松,副主任委员吕时铭、严杰、李向阳、陈功祥、周永列,秘书周林福。
分会成立之初,成员主要以大中专院校和科研单位的教师、科研人员为主。随后,分会的成员逐步扩大至医院的临床、检验,疾病预防控制中心等部门的医、技及各类研究人员,队伍进一步壮大,学术氛围更加浓厚。
分会定期开展学术交流、研讨等学术活动,两年一次从不间断。为达到优势互补、提高学术会议质量的目的,分会经常与其他分会联合举办学术会议。如2001年6月与传染病与寄生虫病分会、肝病分会、医学病毒学分会联合举办了“感染性疾病、肝病及医学病原微生物学术研讨会”,内容丰富新颖,与会者众多,受到一致好评。此后,分会年会均与病毒学分会联合举行,保证了学术会议的质量和参会人员的数量和广泛性。会议内容既涉及微生物和免疫学基础理论的最新进展, 又有该领域新技术、新方法的推广和应用成果的展示。还经常组织专题讨论,如2009年9月在宁波举行的学术年会特设了“疑难病快速诊断专题论坛”,由实践经验丰富的省疾控中心梅玲玲主任技师和宁波市疾控中心董红军主任医师主持,与会代表踊跃发言,交流经验,深入探讨,提出了许多当前在疑难病快速诊断中存在的实际问题及解决方案。
分会总是结合国内当时传染病的发病和流行情况,重点组织相关的学术讲座和讨论。如发生非典、流感、高致病性禽流感、手足口病的发病和流行期间,曾先后多次邀请毛江森院士、朱智勇研究员、郭潮潭研究员、卢亦愚研究员作学术报告。
积极开展继续医学教育活动,举办各类新理论、新知识、新技术、新方法的推广应用学习班。除了每次申报学术年会的继续教育项目外,分会成员在各自单位积极申报、举办国家级和省级继续教育项目。
分会成员多是各单位的科研骨干和学科带头人,承担了许多国际合作、国家级、省部级以及其他各级各类的科研项目,在高校基础学科、附属医院,省市疾病预防控制中心以及科研机构中积极开展科学研究,发表了许多高水平的论文,取得了多项科研成果和奖励。